Давайте, я укажу только самые очевидные ляпы, чтоб не особо грузить темой.
Цитата:
Все ниши заполнены уже полностью приспособленными видами.
Ниши постоянно меняются. Вот только что где-то произошел оползень, где-то начал извергаться "черный курильщик", где-то выгорел лес, ну и т.д. В большем отрезке времени изменения будут глобальней.
Цитата:
А допустим, вдруг климат изменится быстро и без особых причин - как у вас бывает то ледник то жара.
"У нас" так не бывает. Если что-то быстро изменилось "без причин" - мы имеем внешнее вмешательство волшебника, т.е. бога. Пока что такого ни разу не наблюдалось за всю палеонтологическую летопись.
Цитата:
Сегодняшние собаки и кошки не выживут - передохнут через несколько поколений, в лучшем случае через несколько тысяч лет.
Возможно и не выживут, при быстром изменении среды. Но за несколько тысяч поколений - приспособятся, это уже не быстро. И то, и другое фиксировалось многократно.
Цитата:
Как динозавры, например, вымерли всего 60 млн лет назад - и сегодня мы имеем не голую пустыню а вполне достаточное разнообразие животных - откуда они все взялись?
Динозавры вымирали многие миллионы лет, а не исчезли в одночасье. И они далеко не единственный таксон, который жил на Земле в Мезозое, остальные к Юре (как минимум) уже тоже существовали.
Цитата:
Для того, чтобы в результате многочисленных мутаций (пятиногие кролики, котопёс и т.п.) случайно появился стабильный вид - нужно колоссальное количество таких мутаций.
"Пятиногие кролики" - это не мутации. Мутации - это изменение генетического кода, достаточно случайное, но под воздействием некоторых условий. Крайне редко они приводят к "пятиногим кроликам", но в подавляющем большинстве - к вполне жизнеспособным. И "колоссальное количество" мутаций для видообразования не нужно. Иногда достаточно одной.
Цитата:
Вы сегодня хоть что-либо похожее наблюдаете?
На "пятиногих кроликов"?

Нет, не наблюдаем, это опровергло бы дарвиновский механизм эволюции. А у нас все строго в рамках, предсказанных теорией. Вот такое видообразование - наблюдаем.
Цитата:
Напротив, уже существующие виды очень стабильны, и любое крупное отклонение от нормы (мутация) ведёт к быстрой гибели - это если вообще родится живой.
Правильно, в хорошо работающей экосистеме давление стабилизирующего отбора препятствует отклонениями. При ее разрушении - отбор наоборот, будет способствовать изменениям, увеличивающим шансы на размножение.
Цитата:
Мутанты не доживают до половозрелого возраста - как они могут дать потомство, которое возможно будет лучше родителей?
Все живущие на земле особи - мутанты. В том числе и все люди. Когда говорят о геноме человека, имеют ввиду некий усредненный набор генов. А генотип у всех людей разный, даже у однояйцевых близнецов может незначительно отличаться. Более того, небольшие отличия есть даже в разных клетках одного организма. Впрочем, как "небольшие"? Дело до рака доходит.
Цитата:
Так почему новые виды очевидно (если предположить правильность Дарвина) интенсивно образовывались в прошлом и совершенно не образуются сегодня?
Процесс идет всегда. Скорость процесса неравномерна и зависит от изменений окружающей среды, в первую очередь от устойчивости глобальных экосистем. (И тут - да, современные взгляды отличаются от Дарвина. Но для его теории это не имеет никакого значения, ибо и то, и другое ей не противоречит.)
Цитата:
Чем время, в котором мы сегодны живём, кардинально отличается от прошлого?
Принципиально ничем, кроме того, что мы живем в эпоху глобального вымирания видов, еще почище мел-палеогенового.
Цитата:
Ну допустим завтра метеорит (типо динозаврового) - и все млекопитающие вымерли, как когда-то это сделали динозавры.
Динозавров никаким метеоритом не давило. Они вымирали не быстрее млеков сегодня.
Цитата:
Откуда взяться новым видам при сегодняшних темпах образования новых видов?
Так никаких отличий: новые виды образуются.
Цитата:
Можете сколько угодно, хоть до посинения, сушить мелкие водоёмы с рыбами - все ваши несчастные рыбы передохнут, но не отрастят ноги. Ни один хищник не пытается переквалифицироваться в травоядное, если нечего стало кушать - он просто сдохнет с голода.
Можно подумать, что кто-нибудь пробовал.

Ну, осушили и ослонили Арал быстрыми темпами - эволюцию увидели. Но это не было эволюционным экспериментом на поколения, нечаянно получилось. И хищник сдохнет с голода - потому что естественный отбор.
Цитата:
Теория Дарвина в лучшем случае объясняет внутривидовое приспособление к меняющимся условиям - волки живут и в Африке и на севере. Но никак не образование новых видов.
Вид - понятие условное. Никаких реальных границ между видами нет.
Цитата:
Уссурийский тигр (и многие многие другие) благополучно вымирает, но не делает никаких попыток обзавестись пуленепробиваемой бронёй, чтобы противостоять человеку.
И правильно делает.

С ней бы он еще быстрее вымер.
А что бы не переливать из пустого в порожнее, предлагаю, как всегда и всем, написать Вам постулаты дарвиновской теории и указать, с каким из них Вы не согласны. Не надо никаких современных интерпретаций и уточнений: вот как они были 150 лет назад, так и пишите. Сразу узнаем, знаете ли Вы матчасть и какие проблемы конкретно имеются ввиду.